L’histoire d’Anna, une jeune fille solitaire, timide et agoraphobe qui a perdu ses parents très jeune et qui vit avec ses parents adoptifs. Son asthme s’aggrave et sa mère adoptive décide d’envoyer Anna à la campagne chez des parents : les Oiwa, qui vivent près de la mer au nord d’Hokkaïdo. C’est une belle aventure d’été qui commence pour Anna quand elle découvre une grande demeure construite au cœur des marais, non loin du village. Cette maison inhabitée, appelée « La Maison des Marais » par les habitants, semble avoir quelque chose de familier pour la jeune fille. C’est alors qu’à ce même endroit, elle rencontre une mystérieuse jeune fille : Marnie. À partir de cet instant, une merveilleuse amitié se crée entre elles. Mais cette dernière disparaît du jour au lendemain, forçant Anna à partir à sa recherche et à découvrir sa vraie nature…
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