Le petit Sōsuke, habite au sommet d’une falaise qui surplombe la mer. Il est doué avec la navigation et les codes en morse. Après l’école, il rend visite aux personnes retraités dont sa mère Lisa. Son père, Koitchi est le capitaine d’un bateau mais très occupé et ne peux revenir souvent à cause de son travail. Un matin alors que Sōsuke joue sur la plage, il découvre une petite fille poisson piégée dans un pot de verre, Sōsuke la sauve et décide de la garder avec lui dans un seau et là baptise Ponyo. Le petit garçon lui promet de la protéger et de s’occuper d’elle, mais le père de Ponyo Fujimoto un sorcier autrefois humain lui interdit de revenir près des humains. Bien décidée à devenir humaine, Ponyo de son vrai nom Brunilde et retrouver Sōsuke qui grâce à son sang qu’elle à goûté lui permet d’être humaine, mais cette inconscience va provoqué une gigantesque explosion des forces naturelles, les satellites tombent les uns après les autres, la lune descent sur la terre et la terre subit des inondations.
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