L’histoire se déroule à une époque où le monde a été ravagé par un poison, appelé Shinobi, venu sur Terre par un astéroïde. Les gens s’enfuient dans le lieu appelé Kairiku, un endroit qui était autrefois le fond de l’océan. Cependant, le Holy Weapon Giga Road et le guerrier légendaire Yagyu, sont les seuls capables de contrer les effets du poison. C’est ainsi que, Ame, une princesse d’une nation déchue, et un mystérieux guerrier du nom de Suoh, se dressent pour sauver le monde.