Durant l’été 1945, dans le Japon de la seconde Guerre mondiale, deux enfants, Seita et sa jeune sœur Setsuko se trouvent livrés à eux-mêmes après la mort de leur mère, suite au bombardement à la bombe incendiaire de Kōbe par les forces armées américaines. Après avoir vainement tenté de contacter leur père, un officier supérieur de la marine impériale japonaise, Seita et Setsuko partent habiter chez une tante éloignée. Un temps accueillante, la tante traite progressivement les deux enfants comme des fardeaux. Aussi, Seita et Setsuko partent et se réfugient dans un abri désaffecté…
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